Es probable que pobladores que migraban entre la costa y la sierra de Piura hayan iniciado la agricultura en Malingas hace 4000 años.
Esto se deduce por una red de petroglifos y altares ceremoniales que se ubican en la porción central de Malingas. No se tiene información sobre el origen exacto de esos pobladores pero algunos de sus restos fueron ocupados posteriormente por los Tallanes, lo chimúes y los incas.
El arqueólogo Cesar Astuhuamán ha sugerido que una estructura rectangular en el Cerro Endemoniado en el caserío El Carbón podría ser inca. la razón que lo lleva a acreer en eso es la cercanía con el camino real de la costa que conectaba el tambo inca de Malinche (Malingas Grande) con el de Bonapira (Tambogrande). Posteriormente el camino seguía al norte hacia el actual Pelingará, y hacia el sur por el actual Sáncor.
Durante la colonia, probables descendientes de caciques andinos fundaron un convento en Alto Malingas. De la construcción solo quedan las bases y eventualmente se pueden hallar trozos de cerámica.
Paralelamente toda la zona fue cambiando de manos de hacendados españoles. Por lo menos entre 1540 y 1930, medio centenar de personas se disputaron la tierra, hasta que en 1960 la mayor parte se expropio a favor de la irrigación San Lorenzo. A finales de esa década, lo sobrante fue dado a los campesinos por la reforma agraria del gobierno militar de Juan Velasco Alvarado.
La década de 1970 representó el auge del sector, hasta que a inicios de los 80, el antiguo centro de servicios Malingas fue abandonado y reocupado por sus actuales pobladores. Además se fundaron nuevos caseríos hasta llegar a los 20 que conforman todo el sector.
Durante 1990 a 2000 Malingas reflotó su economía mediante la producción y exportación de mango. En 1999 se convirtió en un bastión clave para la defensa del valle de San Lorenzo frente a proyectos mineros.
Durante los últimos 10 años Malingas a intentado reforzar su modelo de desarrollo agropecuario, y está buscando afianzar la gobernabilidad local para generar desarrollo.